最近の検索キーワードから思いついたことを書いてみます。
osCommerceの管理画面から操作できるのは大きく分けて商品情報と注文情報です。
検索キーワードから想像すると、注文情報関連のテーブルが巨大になりすぎていると想像します。
1個だけでも重い処理があると、それによって全体のパフォーマンスが落ちて全体の動作が重くなります。
phpMyAdminなどを利用してSQLに合わせて丁寧にインデクスを追加していくとかなり速くなります。
まずはどのクエリが重いのかosCommerceにあるログ機能を使って確認してみてください。