きっと、これはZen Cartの問題ではなくPHP5.3の制限によるエラー表示があるのでしょう。
PHP5.3には推奨されない機能があり、それらを使用するとエラーが山ほど表示されます。
PHP 5.3.x で推奨されない機能
http://www.php.net/manual/ja/migration53.deprecated.php
自分のソースコードの中では使用していなくてもPEARを利用していると同じようにエラーがでることがあります。
ereg関数などはたくさん使用されていると思いますが、これを書き直すのは正規表現に慣れていないと面倒です。
そこで、
php.iniでは、
error_reporting = E_ALL & ~E_NOTICE & ~E_DEPRECATED
またはプログラム内で
error_reporting(E_ALL & ~E_NOTICE & ~E_DEPRECATED);
とするとエラーが消えると思います。
（私はまだ試していません）